两个月宝宝咳嗽有痰是否会自愈取决于病情严重程度，病因和个人体质，不可一概而论。
如果是细菌性感染引起的咳嗽有痰，痰液为清色是病情自愈的标志，大概需要7天可以自愈。如果是病毒性感冒引起的咳嗽有痰，痰液为黄色。病毒性感冒没有特效药，一般10天可以自愈。若病情在10天后没有改善，考虑病情进一步恶化，反复咳嗽有痰，可以引起新生儿肺炎。此时会伴有发烧、没精神、呼吸困难等症状，症状比较紧急严重，自愈可能较小，建议入院治疗。若为过敏性鼻炎引起的咳嗽有痰，自愈可能较小，建议及时治疗。
因此，两个月宝宝咳嗽有痰时，建议家长及时带孩子到正规医院的小儿呼吸科就诊检查，明确病因后对症治疗。
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