胃间质瘤的手术方式主要有两种，一种是传统的开腹手术，即在腹壁做开放性的切口，直视下对肿瘤进行完整的切除，此手术缺点创伤大，术后恢复时间长。另一种是腹腔镜下手术切除，即微创打孔手术，先于腹壁开孔，肿瘤切除后取物袋包好透过腹壁孔取出，此手术方法可避免腹腔中肿瘤破损，种植转移，创伤较小。5cm以上的间质瘤，一般建议开腹手术，保证肿瘤切除完整，避免破损。
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