治疗幽门螺杆菌药物常用的有三联或四联疗法，三联和四联疗法中间都含有两种抗生素、一种铋剂或者奥美拉唑一类抑制胃酸的药物。这两种抗生素属于广谱类的抗生素，可能会引起肠道的菌群失调，所以在服用后可能会引起病人有腹胀、腹部隐痛或大便性状的改变；铋剂会引起大便颜色呈黑色或者绿色，也可能会引起舌苔颜色加深，像这种情况停用这一类的药物后可能会恢复正常。另外，如果抗生素在使用后病人出现有腹泻或者严重便秘时，需要换用其他一类的抗生素，这个副作用就会被扭转过来。
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