精子畸形后最大危害会导致受孕困难，当出现严重畸形精子症时，做人工授精或试管婴儿时，可能出现受精率低或完全不受精情况等。较特殊类型，即较少遇到圆头精子症，患者精子头部缺乏顶体，称为完全圆形精子，该患者的精子和卵子无法结合，无法受精，导致最终无法获得胚胎，需通过一些特殊的技术改善其受精情况，最终获得胚胎。
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