结肠炎分为急性结肠炎和慢性结肠炎，急性结肠炎又分为急性感染性结肠炎、急性缺血性结肠炎等，不同的病因，其治疗方案也不一样。
以急性感染性结肠炎为例，主要是对症支持治疗及针对病原体的治疗。
慢性结肠炎指溃疡性的结肠炎，以反复发作的腹泻、黏液脓血便及腹痛为主要的临床症状，起病多为亚急性，少数为急性起病，少数症状持续并逐渐加重，病情的轻重与病变范围、临床分型及病期等相关。
在治疗上主要是根据病情的轻、中、重度进行划分，在5-氨基水杨酸激素及免疫抑制剂之间进行选择。
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