肝硬化时患者的甲胎蛋白可能会升高，因此需要注意密切监测。目前临床上长期的肝硬化患者存在发生肝癌的风险，甲胎蛋白升高可作为监测原发性肝癌发生风险以及评估疗效的重要血清标志物。甲胎蛋白与肝癌及多种肿瘤的发生发展密切相关，并且在多种肿瘤均可表现出较高的浓度。原发性肝癌患者的甲胎蛋白含量增高，而像睾丸癌、卵巢癌，恶性畸胎瘤或消化道肿瘤也可能引起甲胎蛋白的升高。
肝病患者如果患有肝炎，特别是乙型病毒性肝炎、肝硬化等良性病变，其甲胎蛋白水平也可存在不同程度的升高，但往往比肝癌的甲胎蛋白低，其数值与肝细胞受损程度密切相关。如果是良性肝病，甲胎蛋白的含量升高通常是一过性，一般持续两周左右的时间即可降低，而恶性肿瘤的患者其甲胎蛋白的值则可能会持续升高。
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