相比于普通胃镜，普通肠镜检查相对会比较痛苦，胃镜和肠镜是消化系统中最为常见的一种检查方法，这两种检查方法都是属于有创检查，因此在检查时会引起不适反应，普通胃镜和普通肠镜，是在半清醒的状态下对患者进行检查，所以痛苦会更大一些。
胃镜检查时需要通过食管、贲门、幽门，再通过这些部位时，会引起不适反应，但是大多数人都是可以忍受的。
在进行肠镜检查时，由于肠道本身是曲折分布的，尤其是肠镜在经过乙状结肠、脾曲、肝曲时，难度会比较大，因此造成痛苦会相应的增加。
对于无法耐受普通胃镜、肠镜的患者，可以选择全麻的状态下进行检查，这种检查方法是在无意识的状态下进行，因此造成的痛苦会比较小。
