不明原因的消化道出血，长时间腹痛、腹泻，肿瘤手术后复查的患者需要进行小肠镜检查。消化道出血的原因比较多，常见的有胃出血、肠道出血，对于不明原因出血，并且通过其他检查无法找到疾病的原因，怀疑是小肠疾病导致，可以通过小肠镜的方法确诊。有部分人会伴随长时间的腹痛、腹泻，并且使用结肠镜检查无法发现疾病，进行小肠镜检查以帮助诊断疾病。肠道肿瘤在手术治疗后，需要定期到医院复查，复查时可以选择小肠镜检查，小肠镜能够对全肠道进行无盲区的检查，因此对于小肠疾病具有诊断意义。
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