心律不齐，尤其是窦性心律不齐，与早搏的区别很明显。窦性心律不齐的P波符合正常的窦性心律的特点，并且在迷走神经兴奋时，可以使得心律不齐加重。而交感神经兴奋时，或者暂时屏住呼吸，可使心律不齐消失。窦性心律不齐特别是呼吸性的窦性心律不齐，是一种良性的心律失常，无病理性意义，多见于健康的儿童和青年人。如果老年人出现与呼吸无关的窦性心律不齐，可能患有器质性心脏疾病。
早搏的发生是因为异位节律释放，导致出现期前收缩，分为房性早搏、室性早搏，以及交接部早搏。室性早搏与窦性心律不齐有明显的区别，因为室性早搏出现宽大、畸形的QRS丛。房性早搏与窦性心律不齐需要仔细的鉴别，但是房性早搏是出现提早的P波，与窦性心律不齐的P波不同。还有房性早搏代偿间歇多为不完全，并且房性早搏也可以出现在正常人身上。但如果出现频发的早博或者多形早搏，多为房性心动过速和心房颤动的先兆。
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