鱼油的最佳服用时间是餐中或餐后，不宜空腹服用。因为鱼油属于脂溶性成分，这样可以增加它的吸收。
鱼油主要成分是多烯不饱和脂肪酸，最些年有越来越多的证据显示，鱼油可以降低低密度脂蛋白、胆固醇，改善血脂。对于使用传统像他汀类、贝特类药物控制血脂不好者，部分国内外指南也推荐尝试使用鱼油，即Omega-3脂肪酸，来辅助控制血脂。如果对于鱼油的软胶囊不耐受，可以把胶囊掰开、剪破，直接服用其中的鱼油。食用鱼油后，血液流动速度加快，如果即将行手术的患者，食用鱼油后可能会影响血液的凝结功能，导致术后大出血，孕妇和哺乳期妇女最好也不要服用鱼油。因为鱼油是由鱼体内提炼出来的，海鲜过敏的人不能贸然尝试。
鱼油可以有效预防动脉硬化性疾病，如脑梗死、动脉硬化狭窄和冠状动脉粥样硬化性心脏病。口服鱼油前，建议进行载脂蛋白E基因检测，明确自己口服鱼油有利于降脂，并规律口服鱼油治疗，否则不仅不利于降脂，反而会使胆固醇水平升高，促进动脉粥样硬化的进展。
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