在临床上针对于气管炎，选择头孢还是选择阿莫西林服用，主要取决于病因。最常见的是细菌感染所引起的气管炎、支气管炎，可以选择服用头孢、阿莫西林，都可以。如果是病毒感染所引起的气管炎，不需要服用阿莫西林和头孢，因为两者对病毒无效，可以选择利巴韦林、奥司他韦、阿糖胞苷等药物。对于支原体、衣原体等病原体导致的气管炎，应该选择大环内酯类药物，比如红霉素，不应该选择服用头孢或者阿莫西林，因为两种抗生素对支原体感染也无效。
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