无痛肠镜和普通肠镜的操作方法一样，均需要行肠道准备，经肛门插管进镜，一边充气一边循腔进镜，一直到达回盲部，再退镜观察整个大肠的情况，所以两者没有可比性，不存在哪个好的说法，只是受检查者可以根据自身的意愿选择做普通的肠镜，还是无痛的肠镜检查，无痛肠镜就是在全麻的条件下行的普通肠镜检查。如果受检查者因为恐惧的心理没法接受普通的肠镜检查，可以选择做无痛的肠镜检查，但是无痛肠镜需要打麻醉，所以可能会存在一定的麻醉风险以及麻药的副作用，医生一般建议做普通的肠镜检查。
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