房间隔缺损的原因是非常多的，可能与以下因素有关系：1.遗传因素，如果父母双方携带有先天性心脏病的致病基因，孩子的发病率是非常高的。
2.感染因素引起特别是在怀孕的前三个月是心脏成型最关键的时期，如果这个期间有病毒感染，造成心脏畸形的可能性是非常大的，特别是风疹病毒、流感病毒、流行性腮腺炎和科萨奇病毒，都可能导致先天性心脏病的出现。
3.怀孕早期接触放射线、化学物质也可能造成心脏发育的畸形，也会出现先天性心脏病。
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