结直肠炎患者需要对因治疗，因为引起结直肠炎的病因很多，比如炎症性肠病，即溃疡性结肠炎、克罗氏病等。结直肠炎治疗比较复杂，包括口服药物或应用肛门栓剂，比如5-氨基水杨酸，以及激素、生物制剂等。
部分结直肠炎属于一般炎症，即非特异性结直肠炎，原因较复杂，可能与感染有关，也可能与身体免疫功能、肠道菌群失调有关。如果是感染引起，需要使用抗生素，如果不是感染引起，可以用黏膜保护剂，比如中成药，如肠胃康、固本益肠片等进行治疗。
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