肛瘘病人大部分是通过手术治疗，少部分人需带瘘生活。
手术治疗是根本性的治疗方法，其对人体的危害具体如下：
1、对肛门括约肌功能的损害：肛瘘经过了肛门周围的重要的组织结构，特别是肛门括约肌，手术对肛门、肛管排便功能有影响，如损害肛门括约肌功能，可导致肛门的控便能力下降，排便失禁；
2、疼痛；
3、迁移性的炎症反应：如炎症引流不彻底，不能更好地控制，可形成迁移性的炎症反应；
4、肛瘘的复发：其复发因素包括引流不通畅，瘘管的开放、切除不彻底或局部的感染源未彻底清除。
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