暴发性心肌炎主要是为病原体感染引起，包括病毒、细菌、真菌、螺旋体、立克次体等，其中最为重要的是病毒感染。目前研究认为至少有二十种病毒感染，可以引起暴发性心肌炎，其中柯萨奇病毒、细小病毒、人类疱疹病毒、脊髓灰质炎病毒、腺病毒、甲型流感病毒等都是常见的病因，这些病毒当中柯萨奇病毒是最为常见的病原体。这些病原体感染人体之后会释放毒素入血，直接损伤心肌，还可以诱导机体产生免疫功能的紊乱，从而使机体自身的免疫组织和器官，通过免疫反应伤害机体自身的心肌。这些作用都可以引起心肌细胞的炎症反应，最终引起心肌细胞的水肿、变性甚至坏死，导致暴发性心肌炎的发生。
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