小儿呼吸衰竭的病因可分为三大类，主要是呼吸道的梗阻，肺实质的病变和呼吸泵的异常，其实这三者又相互关联。根据年龄段的分类可以看到以下的病因：新生儿阶段，一般只出生后28天内出现的呼吸系统，或者其他系统引起的呼吸衰竭，可能是因为窒息、缺氧，肺发育不成熟，吸入羊水、胎粪，肺部或者全身感染所导致。另外，还有先天性的畸形和发育障碍，导致上下呼吸道的梗阻、膈疝等，使肺部受压迫，也可以导致呼吸衰竭。而婴幼儿阶段，多为支气管的肺炎、中枢性感染等导致，也可以因为气道和肺部的免疫系统发育不完善，容易感染到细菌和病毒而引起肺炎和呼吸衰竭。儿童阶段多数可是因为肺炎、先天性的心脏病、哮喘的持续状态，以及感染性的疾病，包括肺外脏器功能衰竭等发展而来。另外外伤手术创伤，还有气道异物、溺水、中毒等这些因素，也会严重影响到呼吸功能，导致急性呼吸衰竭。
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