肝内胆管结石会导致胆管炎症、胆管内积脓及所在肝段破坏、增生，或者形成肉芽组织、瘢痕等，简单讲就是反复化脓、感染，反复再生。属于一种反复不良刺激，导致部分患者发生胆管黏膜癌变，早期可能是一种不典型增生，后来可能就会变成癌，这种癌变早期没有症状，在不知不觉中发生。就诊时，主要表现为检查发现肝脏变形、萎缩或者形成肿瘤样肿块。特别敏感的血液肿瘤指标叫CA199，会升高；还有胆管酶改变，比如碱性磷酸酶、γ-GT等胆管病变相关酶，或者胆道梗阻会升高的酶发生变化，提示已经发生癌变。
如果发生癌变，后果就非常差，到现在遇到类似病人，没有一个能做手术，都很晚期，而且很多人都合并发生腹水，处于非常严重的、非常不良的状态，没有手术机会。反过来讲，既然该病会引起癌变，所以要特别重视，要早期、有手术指征时做手术。当然如果单纯肝内胆管结石，可以经常观察，也不会导致不好的后果。
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