痰培养是临床上最常见的实验室检查，通过痰培养主要明确病原菌的种类，同时做药敏试验，明确病原菌对某些药物是否敏感，从而为临床选择药物提供依据。
其临床应用主要适用以下几种情况：
1、下呼吸道感染，比如肺炎、支气管扩张、肺脓肿等疾病。经过经验用药治疗后效果不佳，急需获得病原菌和药敏试验结果。
2、不明原因的发热，使用抗生素治疗无效。
3、存在特殊的病原菌感染，比如耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌、军团菌、肺炎克雷伯杆菌等。
4、厌氧菌和结核菌的特殊培养，尤其是耐药肺结核行痰培养，明确耐药的情况，从而选择更为敏感的抗结核药物。痰培养容易受到来自口腔正常菌群的污染，多采集深部的痰液较为准确。
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