胃黏膜萎缩没有特异症状，患者可以完全没有症状，只是在胃镜检查的时候发现胃黏膜萎缩。部分人体检时发现幽门螺杆菌阳性，医生会要求进行胃镜检查，若胃镜检查仅诊断为萎缩性胃炎，患者可能没有症状。但是部分患者可以有各种消化不良症状，出现上腹部疼痛、饱胀不适、食欲不振、烧心、反酸、恶心等，但是症状没有特异性。
胃黏膜萎缩的诊断依赖胃镜，尤其是在胃镜直视下取胃黏膜组织进行病理学染色、切片诊断，在病理下看到胃黏膜正常腺体被破坏、减少、变薄，就是萎缩性胃炎。所以，胃黏膜萎缩的诊断一定是胃镜加病理的诊断。
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