手足口疫苗的副作用较为少见，即使有也都很轻微。通常手足口疫苗接种后可能出现的副作用包括发热和注射部位红肿、疼痛，还有少数患儿会有腹泻，最常见就是发热和注射部位红肿、痛。但是一般在接种后3天内这些不良反应就会消失，所以不必担心。当然和所有的疫苗一样，疫苗注射都会存在严重的不良反应的可能性，只是发生率很低，比如过敏性休克，这要取决于既往是否有过敏性休克的历史，如果对于容易过敏的儿童，还是要提高警惕。所以要求所有疫苗接种点都要具有一定的抢救设备和抢救过敏性休克的经验。儿童在接种完疫苗以后，要在接种点观察15-30分钟，确定无明显异常之后再离开接种点。
