对于链球菌感染，应针对链球菌引起的感染病灶以及变态反应疾病进行治疗。针对病原的治疗应使用敏感的抗生素，常用抗生素为青霉素，此类药物对链球菌的杀菌作用较强。若患者对青霉素过敏，则可以使用红霉素或阿奇霉素等药物代替。若链球菌对于青霉素产生耐药，则可以换用喹诺酮类、头孢三代等其他抗生素进行治疗。
对于链球菌引起的化脓性脑膜炎，医生可以使用大剂量的青霉素或氨苄青霉素进行治疗。若链球菌对多种抗生素产生耐药，则可以选用万古霉素、利奈唑胺或其他更有效的新型抗生素进行治疗。
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