健康人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。肠道菌群按一定的比例组合，各菌之间相互制约、相互依存，在质和量形成一种生态平衡，一旦机体的内外环境发生变化，敏感的肠菌被抑制，未被抑制的肠菌而乘机繁殖，从而引起菌群失调。其正常的生理组合被破坏而产生病理性的组合，引起的临床症状就称为肠道菌群失调症。本病以严重的腹泻或者慢性腹泻为主要表现。在应用抗生素的过程当中，如突然发生腹泻或者原有的腹泻加重，极有发生本病的可能。腹泻多为黄绿色的水样便，有时候呈蛋花样。真菌感染可以呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便。葡萄球菌感染可以排黄绿色的稀便，每天3—20余次，伴有腹胀，腹痛一般不显著，吐泻严重的时候可以伴有脱水、电解质紊乱、血清尿素氮升高、血压下降。有些旅游者因气候或者环境的改变而发生肠道菌群失调，俗称水土不服。
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