理论上做胃镜没有伤害。医生技术不娴熟情况下，经常将镜头触碰到黏膜，或者反复快速旋转、拉伸时会造成黏膜伤害。
患者需要活检时，活检钳钳住组织后要迅速拉出，此时伤害小。如果动作慢，会造成黏膜拉伤、撕脱伤。如果时技术不娴熟，尤其是在咽喉入口位置，患者不配合情况下，经常会有恶心、入镜困难等情况。此时医生暴力插入胃镜时，对食道入口有伤害。患者会感觉到做完胃镜以后咽喉部疼痛，甚至少数患者会吐血。
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