隐球菌性脑膜炎属于是真菌感染，药物治疗主要是抗真菌治疗，对症支持治疗。抗真菌的治疗，强调的是分期治疗、联合用药和多途径的给药。在临床上，主要首选的药物就是两性霉素B，两性霉素B具有广谱的抗真菌作用，通常在急性期的时候使用。但是两性霉素B的副作用很多，而且比较严重，所以在临床上，一定要密切观察患者病情的变化。还有就是联合使用氟康唑进行抗真菌的治疗，氟康唑也是抗菌谱比较广的药物，本药的耐药性一般比较良好，容易透过血脑屏障，抗真菌药物治疗需要视患者症状完全消失，还有脑脊液的检查正常以后，还需要连续3次检查脑脊液没有隐球菌后，才可以考虑停药。
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