新型冠状病毒肺炎核酸检测采用的是荧光定量PCR方法，或高通量测序技术，采集患者咽、鼻等呼吸道分泌物、痰液，以及下呼吸道分泌物、血液或粪便，检测其中是否存在新型冠状病毒的病原体核酸，最普遍的方法是到各地发热门诊或者相应检查机构进行，医生会让病人张开嘴，用棉拭子去擦拭扁桃体和咽隐窝附近的分泌物，也可以通过鼻腔取鼻咽喉部的分泌物。然后放到试管里面，再交给检验科去做病毒核酸检查。
新型冠状病毒核酸检查准确，但是有一定的假阴性率，一般怀疑是新型冠状病毒感染的患者，要经过几次检查才可以确诊。只要新型冠状病毒核酸检查结果阳性，就是感染了新型冠状病毒。如果新型冠状病毒核酸检查阴性，一次情况不能代表没有感染新型冠状病毒，要多检查几次。有的患者要经过3-4次检查才可以确诊，这是因为如果体内病毒量比较少，核酸检查没有那么敏感，所以就会检查不出来。
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