纤维支气管镜检查首先是进行术前准备，包括患者自身准备、器械准备、辅助检查准备。完善后再进行检查，患者首先要进行麻醉，可以是局麻喷利多卡因，给黏膜进行表麻；可以全麻，静脉注射麻醉药物，主要目的是减少患者刺激，减少患者在检查过程中的不适感。
麻醉后患者平躺于检查床，检查过程当中支气管镜通过患者鼻腔或口腔。部分患者可能存在气管切开或气管插管，通过气管切开套管或气管插管进入气管镜，气管镜进入到患者气道，包括左右主支气管以及远端小气道，镜下可以观察气道病变。针对气道病变可以用活检钳取部分组织送检，活检病理或微生物检查，可以给刷检组织送检。除此之外，还可以在支气管进行肺泡灌洗，取到灌洗液送实验室进行化验，这些都是在气管镜下可以进行的一系列检查，主要目的是给患者病变进行病理学以及病原学诊断。
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