明确肛瘘的类型在临床上对于治疗肛瘘有重要的意义，根据不同的程度、不同的类型对肛瘘进行对症的治疗。
肛瘘的分类有以下几种：
1、低位单纯性肛瘘：只有1条瘘管通过外括约肌深层以下，1个外口，1个内口，内口在齿状线肛窦附近；
2、低位复杂性肛瘘：有2个以上内口或外口或瘘管，瘘管穿行在外括约肌深层以下；
3、高位单纯性肛瘘：仅有1条瘘管，瘘管穿过外括约肌深层以上，1个外口，1个内口，内口位于肛窦部位；
4、高位复杂性肛瘘：有2个以上外口、内口或瘘管，通过外括约肌深层以上。
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