激素与免疫抑制剂是治疗红斑狼疮的主要药物，可能会引起一些不良反应：第一、药物性肝肾损伤，如甲氨蝶呤，环孢素，来氟米特，霉酚酸酯等可以引起肝肾损伤，导致肝肾功能下降，表现为转氨酶，肌酐升高等。
第二、消化道不良反应，如甲氨蝶呤，来氟米特等，可以引起恶心，呕吐，腹痛等反应。
第三、淋巴细胞减低导致感染，如环磷酰胺，霉酚酸酯等，可造成淋巴细胞减低诱发呼吸道感染，带状疱疹感染等疾病。
第四、眼底病变，如硫酸羟氯喹，可导致眼底病变影响视力。
第五、激素类药物不良反应，有肥胖，水肿，骨质疏松，血糖及血压升高等。
但需要注意的是，上述药物不良反应整体发生率较低，在医师指导下用药大多不良反应可以避免。
