因为一部分亚急性甲状腺炎的症状不典型，所以很容易被误诊，经常被误诊的疾病有以下四大类：
第一、上呼吸道感染，患者常于受凉后出现发热、咽痛、四肢酸软，以及全身乏力等症状，体温常在37-39℃之间，血常规检查也可以看到白细胞轻度升高，血沉加快，所以常被误诊为上呼吸道感染，但是抗炎、抗病毒治疗好转后还会反复，大多数人以颈部变粗再次就诊。
第二、甲状腺肿物，实验室检查可以见到血沉的加快、白细胞的升高，甲状腺功能提示典型的甲状腺功能亢进症，触诊检查经常发现双侧的甲状腺不对称性的一个增大，甲状腺放射性核素扫描提示甲状腺显影差或者不显影，也就是所说的分离现象，是鉴别诊断的一个关键点。
第三、肠炎，有部分患者经常在秋季受凉后以发热、腹泻起病，容易被误诊为肠炎，但常在腹泻好转后出现心率加快或甲状腺肿大，并伴有颈部疼痛的症状。
第四、耳鼻喉疾病，患者表现为发热、耳部疼痛，容易被误诊为中耳炎，检查外耳道内无红肿、溢脓，以及鼓膜异常，询问病史可以有颈部疼痛的症状，转头或吃饭可以使疼痛的症状加重。
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