肺部出现真菌感染，主要是由于真菌侵入到气管、支气管、肺泡内，引起其黏膜的炎症反应。这个时候可以选择抗真菌治疗为主的原则，比如可以选择氟康唑、伏立康唑、两性霉素B、灰黄霉素等。根据情况通过口服或者静脉点滴的方式给药。疗程一般持续到患者的症状消失，或者取痰液查找真菌或者培养真菌连续2次以上为阴性为止。一般总疗程可以需要2-6个月左右的时间，必要的时候，取痰液，做真菌的药物敏感试验，调整治疗方案，防止没有彻底治愈，再次复发。
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