脑干包括中脑、脑桥和延髓三部分，如果损伤了以后临床的表现很复杂。如果是中脑损伤会出现同侧动眼神经麻痹的症状，也就是瞳孔散大、眼球活动受限，会有对侧中枢性的面舌瘫和上下肢的瘫痪，也可以出现对侧随意运动的障碍包括肢体的震颤、强直、手足徐动或者舞蹈样的动作，还可以出现对侧肢体深感觉和精细触觉的障碍。如果是脑桥受损，可以出现病灶侧眼球不能外展和周围性面神经麻痹，对侧中枢性的偏瘫和对侧偏身感觉障碍，如果损伤了脑桥侧视中枢还会出现双眼向病灶对侧凝视。如果是双侧脑桥基底部病变会出现闭锁综合征，这个时候病人意识虽然是清醒的，语言理解能力也正常，但是由于双侧皮质脊髓，和支配三叉神经以下的皮质脑干束受损，所以患者除了眼球能上下运动以外，其它各部位都不能活动，不能讲话，不能吞咽。如果是延髓损害病人可以出现头晕、恶心、呕吐、吞咽困难、饮水呛咳、交叉性感觉障碍也就是同侧的面部痛温觉障碍、对侧偏身痛温觉障碍，还可以出现病变同侧的共济失调和霍纳综合征的表现。
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