静脉血栓栓塞症一旦发生，后果严重，治疗主要目的是减少肺动脉栓塞、预防血栓后综合征和慢性血栓栓塞性肺动脉高压、预防深静脉血栓和肺动脉栓塞复发。
静脉血栓包括深静脉血栓和浅静脉血栓。两者治疗方法各有不同。浅静脉血栓容易导致血栓性静脉炎，可以进行保守治疗，比如说口服促进循环的药物。外用静脉炎的药物，比如喜辽妥、芒硝溶液、三黄洗剂等，能够促进血液循环，促进血栓的吸收。药物无效者可以用手术的方式切除有浅静脉血栓的血管。
深静脉血栓可以药物治疗，包括抗凝药物、溶栓药物和对症用药。抗凝为基础治疗，无论深静脉血栓处于哪一阶段，抗凝治疗均非常重要；抗凝药包括肝素、低分子肝素、华法林和新型抗凝药物等。若深静脉血栓的量较大，或已累及髂静脉或下腔静脉，需行溶栓处理；溶栓药物包括尿激酶、纤溶酶、组织型纤溶酶原活化剂（t-PA）等；如果出现严重疼痛和肿胀，可给予静脉活性药物进行治疗。如药物治疗无效，可采用手术或介入治疗。同时需注意卧床休息，减少活动；同时抬高患肢，使得患肢高于心脏平面，改善静脉回流，减轻水肿和疼痛。
浅静脉血栓如果不及时治疗，可能进一步发展成深静脉血栓，导致肺动脉栓塞等严重情况。如发现浅静脉血栓造成的血栓性静脉炎一定要早诊早治。
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