胃肠神经官能症准确的说应该叫功能性胃肠病，是除外胃肠器质性疾病的胃肠功能紊乱。功能性胃肠病的病因与精神心理因素、不良生活事件、工作紧张和焦虑等等有关系，也跟遗传背景、既往胃肠道感染以及胃肠高敏感有关。所以治疗上主要是调节精神情绪，放松，避免焦虑、紧张的情绪。治疗时根据不同的临床表现使用对症药物治疗，如表现腹胀的可以用促动力药、益生菌、助消化药，表现反酸、腹痛的可以使用抑酸药，肠易激综合征可以用匹维溴铵。如果这些药物治疗效果不好，可以需要抗焦虑、抑郁的药。
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