有消化不良症状的患者到医院就诊时，医生往往会要求患者进行胃镜检查。一些患者害怕胃镜检查很痛苦，往往会犹豫不决。事实上，随着胃镜镜子质量的不断提高（更细、更软、操控性更好）和操作医生技术的不断熟练，半数以上患者接受胃镜检查时仅有轻度不适感。包括拍照、取活检等操作，遇到复杂患者也很少超过10分钟，因此多数患者是可以承受的。
胃镜检查一般不会产生疼痛，主要不适是恶心和感觉到唿不出气。由于患者的恐惧心理和胃镜通过咽部插入食管时的反射，多数患者会有暂时憋气，这就像一个不会游泳的人掉在水里一样，会不自主憋气。当患者实在憋不住后才唿气，就会出现恶心。
因此，胃镜检查时患者不憋气和调匀唿吸是关键。由熟练的医生进行胃镜操作，检查时患者的不适程度主要由患者因素所决定，一般是高度恐惧、中青年、男性、体型肥胖、吸烟、刷牙容易恶心的患者，胃镜检查时反应较大，不适程度高。这些患者可通过使用镇静药物使他们处于无意识状态而消除检查时的不适，即可采用无痛胃镜检查。
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