新生儿败血症的临床表现多样，多数患儿表现为反应差，精神萎靡，吃奶减少或者不吃;皮肤颜色灰暗，体温异常（体温过高或者体温波动）。
随着病情加重，常出现病理性黄疸，腹胀便血；呼吸异常（急促，暂停,呻吟）;早产儿B族链球菌败血症有时候主要表现为呼吸窘迫，酷似肺透明膜病。
若病情未有效控制，可发展到感染性休克和多脏器功能不全，常见低血压，脑水肿，呼吸衰竭。
新生儿败血症容易并发化脓性脑膜炎、肺炎、骨髓炎、肝脓肿等。
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