基础治疗后4-6周，会对牙周进行全面的再次评估，往往有以下几种情况需要进行牙周手术治疗：
1、牙周袋深度仍≥5mm且探诊有出血，此时要进行牙周手术治疗；
2、牙龈或者骨的形态不良、膜龈关系不正常时，进行手术治疗。
手术治疗通常有几种方法，最常见也是最常用、最基本的方法翻瓣术。翻瓣术是在直视下清除龈下的菌斑、牙结石，以恢复牙周组织的生理形态和功能。一些其他手术比如植骨术多用于根分叉病变或者垂直型骨吸收处。引导性骨再生手术GTR也可以达到植骨术效果，但是比植骨术的效果更优。膜龈手术是用于改正附着龈过窄、牙龈退缩或者唇颊系带附着位置不佳的手术，以巩固牙周治疗效果和解决美观的问题，但所有的牙周手术治疗必须在全口牙龈炎症得到控制的条件下才能实行。
