急性肠炎可以选择维持肠道菌群平衡的药物、保护肠黏膜的药物。另外如果化验大便常规提示有脓细胞和红细胞，考虑细菌感染，可以选择三代头孢作为消炎的药物。维持肠道菌群的药物包括双歧杆菌、布拉氏酵母菌、鼠李糖乳杆菌、大肠杆菌，这些药物对于维持肠道菌群的平衡有益，尤其是双歧杆菌。蒙脱石散可以作为保护肠黏膜的药物，可以促进肠炎的恢复。
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