肝囊肿最常见的原因是胚胎时期胆管发育异常所造成的，也就是先天性的肝囊肿。
其他少见的原因还包括炎症和创伤所造成的肝囊肿。
这些肝囊肿统称为非寄生虫性的肝囊肿，一般直径较小，没有临床症状，可以定期彩超随访观察。
如果直径较大超过5cm，位于肝脏表面，压迫周围脏器，继发感染引起发热、腹痛、腹胀、消化不良等症状，可以考虑进行手术。
首选腹腔镜下肝囊肿开窗引流术。
无法耐受手术的，还可以考虑行彩超定位下肝囊肿穿刺引流。
对于多发肝囊肿，如果较为局限，还可以行规则性的肝脏或肝叶切除术。
而寄生虫性肝囊肿在临床上最常见的是肝包虫病，由棘球蚴感染所引起，治疗方式常用内囊摘除，同时配合药物治疗，比如阿苯达唑等。
而对临床上非常少见的肝囊腺瘤，目前的发病原因还不完全清楚，可能和环境因素有关，但是由于其有较大的恶变倾向，因此一旦明确应当及时行手术切除。
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