新生儿在吃奶后半小时左右吃益生菌最好，并且多在新生儿出现腹泻、腹胀、消化不良等症状时选择服用。
益生菌属于活性菌，主要定植于肠道，帮助调节肠道菌群环境以及帮助人体消化吸收等。而人体胃内储存有胃酸，会杀灭益生菌，因此需要选择胃酸相对较少的时候服用益生菌。新生儿吃奶后半小时左右，胃酸被中和稀释而相对减少，此时服用益生菌，更有利于其存活并成功进入肠道内定植。另外，需要在新生儿有消化道症状时才服用益生菌，因为益生菌对人体并不是完全无害。
因为高温会灭活益生菌，因此建议温水服用益生菌，水温最好不超过40℃。另外，要注意不在空腹或睡前服用益生菌，以免引起胃肠道不适。
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