溃疡性结肠炎的病因是由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所致，具体如下：
一、环境，饮食、吸烟、卫生条件、生活方式或暴露于某些不明因素都是可能的环境因素，近几十年来全球溃疡性结肠炎的发病率持续增高，此现象先出现在社会经济高度发达的北美、北欧地区，以往该病在我国少见，现已成为常见疾病，疾病谱的变化提示环境因素所发挥的重要作用；
二、遗传，炎症性肠病发病具有遗传倾向，IBD患者一级亲属发病率显著高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加；
三、感染，多种微生物参与了溃疡性结肠炎的发生与发展；
四、免疫，持续的天然免疫反应及Th1细胞异常激活等，释放出各种炎症介质、免疫调节因子，参与了肠黏膜屏障的免疫损伤。
