肾盂肾炎主要是由于细菌感染所导致，所以它的治疗主要是以抗生素抗感染治疗为主。
一般情况下是根据尿细菌培养及药物敏感实验，选择敏感有效的抗菌药物。
肾盂肾炎大多是以革兰氏阴性杆菌感染为主。
对这种细菌有抗菌灭菌作用的药物，有左氧氟沙星，阿莫西林，帕拉西林，美罗西林，头孢曲松等。
慢性的肾盂肾炎也可以采用每日口服抗生素，抑菌治疗，可以选择的抗菌药物是呋喃妥因。
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