原发性甲状腺功能减退症通常指原发于甲状腺功能减退，临床中会有原发和继发，实际上相对于是问题出在甲状腺还是处在垂体。因为甲状腺分泌甲状腺激素，靠垂体来指挥。如果是垂体出现了问题，导致甲状腺分泌功能减低，叫做继发性甲状腺功能减退，是因为别的腺体出了问题，是受害腺体。
如果是原发性甲状腺功能减低，就是指本身甲状腺发生了问题，自己不分泌，这时上游激素，垂体分泌促甲状腺激素分泌升高，这种是非常常见的甲状腺功能减退原因。通常甲状腺功能表现是T3、T4是减低，促甲状腺激素升高，提示原发于甲状腺的甲状腺功能减低。
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