有痛肠镜一般疼痛程度较轻，在镜子拐弯时，可能患者有一定疼痛感觉，但多数能耐受。因为在没有无痛肠镜前，患者均是进行有痛肠镜检测，多数患者均可耐受。但因人而异，可能部分患者疼痛敏感，会觉得疼痛程度较重。但多数可能有轻微腹部不适，有时是隐痛，一般随着肠镜检查结束，症状可以自行好转，无需特殊处理。
有痛肠镜主要是相对于无痛肠镜而言，并非表示患者有多痛苦，只是在进行肠镜检测时，患者处于清醒状态，应用局麻药。在检查过程中，患者可以观测到镜下表现，同时可以与肠镜医生进行交流。而无痛肠镜时，患者应用静脉麻醉药物，处于睡眠状态进行肠镜检查，患者清醒后检查已经结束，所以通常没有感觉。
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