维持DNA双螺旋结构稳定性的主要因素有：碱基堆积力、氢键、离子键、范德华力。
DNA双螺旋结构在生理条件下是很稳定的。维持这种稳定性的主要因素包括两条DNA链之间碱基配对形成的氢键和碱基堆积力。
另外，存在于DNA分子中的一些弱键在维持双螺旋结构的稳定性上也起一定的作用，即磷酸基团上的负电荷与介质中的阳离子间形成的离子键及范德华力。改变介质条件和环境温度，也将影响双螺旋的稳定性。
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