其站内规模为2台6线，客流流动方向为下进下出，车站接发列车日均约60列。

由于原有的昌图站老站房由于候车室容量小（仅有50余座椅，站房仍为1896年修建）远不满足昌图站实际需求，致使大部分旅客均在室外候车，2003年，昌图站站房及站内股道改造工程启动，2004年初，昌图站新站房正式投入使用。2006年5月，京哈铁路昌图-双庙子-四平区间开始大改造，由原有的“S型”展线改为直线段，整个线路缩短2.6km，普通列车的最高速度由70km/h提高到近160km/h，列车的通过能力大大提高，昌图站及站内股道改造为京哈铁路既有线上开通CRH动车组起到关键性作用。

2015年，昌图站2站台6道实现了电气化，届时昌图站列车接发能力得到提升（2条正线及3条到发线，到发线有效长度1050m）

2018年4月15日-5月2日期间，昌图站已进行为期半个月的高站台改造。

2020年7月，昌图站已完成进、出站口自动闸机改造，旅客上、下车只需刷脸及身份证即可，十分便利。

目前，昌图站已改造完毕，改造后的昌图站拥有两座550m长的高站台，下行到发线1条（3道），下行正线1条（1道），上行正线1条（2道），上行到发线2条（4道及6道），专用线1条（8道）。改造后的昌图站会给旅客提供更加便利的服务

距离上行车站北京站836公里，沈阳北站132公里，离下行车站四平站53公里，哈尔滨站413公里。

向北通向四平、双辽、通辽、长春、吉林、白城、哈尔滨、齐齐哈尔、牡丹江、佳木斯、加格达奇、黑河、绥化、大庆、海拉尔、满洲里等城市。

向南通向铁岭、沈阳、鞍山、大连、锦州、盘锦、葫芦岛、山海关、秦皇岛、北京、天津、石家庄、郑州、济南、青岛、烟台、菏泽、徐州、南京、上海、太原、贵阳、昆明、西安等城市。

旅客可以从昌图站直达哈尔滨、长春、沈阳、大连、北京、上海、南京等大城市及特大城市；从北京、天津、上海、广州、南京、济南、青岛、大连、长春、哈尔滨均有列车直达昌图。

客运：办理旅客乘降；行李、包裹托运。

货运：办理整车、零担货物发到；办理整车货物承运前保管。

本时刻于2022年06月20日起执行（若有列车晚点、停运、加车等情况，以车站公告为准）