2007年5月12日，中华人民共和国国家发展和改革委员会以“发改交运1122号”文件对原中华人民共和国铁道部和甘肃省、四川省、重庆市人民政府《关于报送新建兰州至重庆铁路项目建议书的函》予以批复，同意新建兰州至重庆铁路； 同年7月，兰渝铁路经过南充市的车站数量和选址敲定，其中规划建设南部站，按铁路中间站设计，办理客货运业务。

2016年5月15日，南部站开行动车组列车

2014年，南部站站房开工建设。

2015年5月，南部站站前广场及站前大道连接线启动建设； 同年8月，南部站站房全面完工； 同年12月26日，途经南部站的兰渝铁路广元至重庆段建成开通； 同年12月30日，南部站正式通车运营。

2016年5月15日，南部站正式开始运行动车组列车。

2017年9月29日，途经南部站的兰渝铁路全线开通运营。

2019年1月，南部站开通身份证进出站检票服务。 2020年6月20日，南部站推广实施电子客票。

南部站夜景

截至2015年7月，南部站站房规模约8000平方米，总投资约5000万元，设计日均客流量800人次。 截至2015年11月，南部站站前广场占地约4.2万平方米，设置临时停车位约100个；站前大道全长约4公里，按城市Ⅰ级主干道标准设计，路宽15.5米，双向4车道，设计时速为每小时60千米。

2015年5月，南部站站前广场设置餐饮区、超市、派出所、管理用房、旅客流动疏散活动区等多个功能分区，预留专门的港湾式公交站台，设置盲人行道和旅客快速通道等。 南部站站房全貌

截至2016年4月，南部站站内设基本站台1个、中间站台1个和1个货运站台，基本站台、中间站台均属于高站台。南部站途经线路为兰渝铁路。

2015年12月25日起，南部站具备售票条件。 截至2019年1月，南部站设有售票处和自动售取票处，开设有售票窗口和互联网取票专门窗口。

南部站图集(9张)

截至2019年1月，南部站可办理刷身份证进出站业务，限于网上购买C、D、G字头动车全价车票的普通成人票和中国铁路成都局集团公司管内车次。儿童票、学生票、残疾军人票等优惠票以及成人携带儿童使用同一张身份证买票的，仍然需要提前换取纸质车票进站乘车。

2016年1月3日（元旦假期最后一天），南部站上车旅客共528人次。

春运服务

2019年铁路春运期间，南部站根据旅客购票情况增减售票窗口，及时调整窗口功能，遇列车晚点、客流高峰时增加退票改签窗口；购票高峰时段安排专人盯控，解答旅客问询，处置旅客遇到的问题；大客流时段安排专人进行旅客进出站引导，特别关注携带超重超大物品、老人小孩等旅客。

公交线路

2015年12月28日起，南部县城东客运站至南部站的南部公交6路开通，在南部站站前广场附近设置终点站。首末班发车时间根据列车时刻表进行调整。

2016年2月27日，南部县十六届人民代表大会第五次会议通过 《南部县国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》 ， 南部站片区在“十三五”期间（2016年至2020年）规划1座汽车客运站， 建设占地面积47088平方米的客运中心暨综合停车场一处，主要包括汽车客运中心、公共停车楼、公交枢纽中心、出租车及换乘中心及配套基础设施。截至2018年3月，该项目开始进行公开招标，计划2018年4月开工。